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FFTW Señales Transformada
de Fourier
Pública Biblioteca de subrutinas en C para el cálculo de la transformada de Fourier discreta en una o más dimensiones, para datos reales o complejo.
Blitz++ General Plantillas C++ Pública Es una biblioteca de clases para cómputo científico que proporciona rendimientos similares con Fortran 77/90.
Utiliza plantillas par lograr alto rendimiento. Blitz++ proporciona matrices y vectores densos, generadores de números aleatorios y vectores pequeños.
EISPACK General Pública Es una biblioteca de subrutinas en Fortran que calculan los valores y vectores propios de nueve clases de matrices:
Compleja general, Compleja Hermitiana, Real general, Real simétrica, Real simétrica bandada, Real simétrica tridiagonal, Real especial tridiagonal, Real generalizada, Real generalizada simétrica.
Además, incluye dos rutinas para el uso de descomposición de valor singular para problemas de mínimos cuadrados.
HDF5 Archivos Pública Bibliotecas para manejo de datos científicos. Puede almacenar dos objetos principales: conjunto de datos y grupos.
Un conjunto de datos es esencialmente una matriz multidimensional.
Un grupo es una estructura para organizar objetos en un archivo HDF5.
Mediante el uso de estos dos objetos básicos, se puede crear y almacenar cualquier tipo de dato científico.
MKL Bibliotecas numéricas General Académica Bibliotecas con rutinas matemáticas optimizadas que incluyen BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, transformada de Fourier y operaciones con vectores.
NetCDF Archivos Pública NetCDF (Network Common Data Form) es una interfaz para acceso a datos y una colección de bibliotecas de software para C, Fortran, C++ y Perl que implementan la interfaz.
NetCDF define un formato para la representación de datos científicos independiente de la máquina.
Juntos, interfaz, bibliotecas y formato de datos, ayudan a la creación, acceso e intercambio de datos científicos.
Intel MPI Comercial Intel MPI es una implementación comercial basada en MPICH2.
Tiene como objetivo lograr que las aplicaciones funcionen mejor en arquitecturas Intel.
Compiladores
Intel
Herramientas
de programación
Compiladores Académica Esta suite de compiladores ofrece soporte para lenguaje C, C++ y Fortran. Incluye funciones de optimización, bibliotecas altamente optimizadas, comprobación de errores, seguridad y herramientas de creación de perfiles.
Compiladores
GNU
Herramientas
de programación
Compiladores Pública La colección de compiladores de GNU que incluye interfaces para C, C++ y Fortran.
GAMESS Es un programa para química molecular cuántica. Puede calcular funciones de onda SCF desde RHF, ROHF, UHF, GVB y MCSF.
Totalview Herramientas
de programación
Depurador Comercial Es un depurador altamente escalable que provee soluciones para una amplia variedad de aplicaciones; seriales, paralelas, multihebra y multiproceso. También contiene herramientas para análisis de memoria.
EPW Es el nombre corto de "electrón-fonón Wannier". es un código F90/MPI de código abierto, que calcula las propiedades relacionadas con la interacción electrón-fonón con teoría funcional de la densidad perturbación y funciones Wannier máximamente localizadas.
NWCHEM Proporciona herramientas de química computacional que son escalables.
QUANTUM ESPRESSO Es un conjunto de rutinas para cálculos de estructura electrónica y modelado de materiales a escala nanométrica. Está basada en la teoría funcional de la densidad, ondas planas y pseudopotenciales.
YAEHMOP Conjunto de programas para la realización de cálculos Hueckel extendidos sobre moléculas y sólidos y la visualización de los resultados. También ofrece la funcionalidad de visualización de algunos paquetes cuánticos (ADF y LMTO).
GAUSSIAN Química teórica Software comercial de uso en química teórica, resuelve la ecuación de Schrödinger molecular basándose en la teoría de orbitales moleculares.
WIEN2K Realiza cálculos de estructura electrónica de sólidos usando mediante el uso de teoría funcional de la densidad (DFT). Basado en el potencial-total (linealizado) aumentado onda plana ((L)PAW) + el método de orbitales locales (lo), uno de los esquemas más precisos para cálculos de estructuras banda.
DESMOND Realiza simulaciones de dinámica molecular de alta velocidad de sistemas biológicos. El código utiliza nuevos algoritmos paralelos y técnicas numéricas, para lograr un alto rendimiento y precisión sobre plataformas que contienen un gran número de procesadores.
AMBER Permite llevar acabo simulaciones de dinámica molecular, particularmente sobre biomoléculas.
Materials Studio Entorno de modelado y simulación en el área de materiales. Combina métodos tales como Mecánica Molecular (MM), Dinámica Molecular (DM), Mecánica Cuántica (QM) y modelado en mesoescala en un entorno fácil de usar.
SIESTA Permite realizar cálculos de estructura electrónica y simulaciones de dinámica molecular ab initio de moléculas y sólidos.
Demond2k Con él se pueden realizar estudios de estructura electrónica molecular ab initio de sistemas con varias centenas de átomos.
Molpro Programa para cálculos ab initio de estructuras moleculares. Es adecuado para realizas cálculos computacionales de alta precisión con un tratamiento extensivo del problema de la correlación electrónica, utilizando métodos con Iteración de Configuraciones (IC), Coplued Cluster (CC) y métodos relacionados. Utiliza métodos de correlación local que reducen considerablemente el aumento del costo computacional al aumentar el tamaño de la molécula.
Turbomole Es un paquete de aplicaciones de química cuántica para áreas diversas, como la catásis homogénea y heterogénea, química orgánica e inorgánica, diversos tipos de espectroscopia y bioquímica, entre otros.
GROMACS Programa de simulación de dinámica molecular, que utiliza ecuaciones newtonianas. Está diseñado principalmente para moléculas bioquímicas que implican una gran cantidad de iteraciones y enlaces complejos.
NAMD Código paralelo para dinámica molecular diseñado para simulaciones de alto rendimiento de grandes sistema biomeleculares. Basado en objetos paralelos Charm++, NAMD escala a cientos de núcleos para un simulación típica y más de 200, 000 para simulaciones grandes.
CP2K Software para realizar simulaciones atómicas y moleculares de estado sólido, líquido, molecular y sistemas biológicos. El software provee un marco general para diferentes métodos como la Teoría del Funcional de la Densidad (DFT), utilizando un enfoque mixto de Gaussianas y ondas planas (GPW), y potenciales clásicos a dos cuerpos y a varios cuerpos.
AUTODOCK Es un conjunto de programas diseñados para predecir la forma en que moléculas pequeñas, como sustratos o candidatas a fármacos, se unen en un receptor biológico de estructura tridimensional conocida.
FLASH Programa para simulación de física de altas energías.
CASINO Sirve para efectuar cálculos de estructura electrónica en sistemas periodicos y finitos mediante el método 'Quatum Monte Carlo' (QMC), Escrito originalmente en Frotran 77 y actualizado a Fortran 90.